Un estudio publicado hoy en la revista <a href="https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1705642114" title="Proceedings of the National Academy of Sciences" alt="Proceedings of the National Academy of Sciences" target="_blank">Proceedings of the National Academy of Sciences</a> (PNAS) describe qué ocurre a nivel atómico cuando se estira una molécula de ácido nucleico de doble hélice. A través de una simulación por ordenador, los científicos han conseguido explicar por qué al estirar el ADN se enrolla, mientras el ARN de doble hebra se desenrolla. Este tipo de simulaciones podría dar lugar a herramientas muy potentes para entender cómo las propiedades estructurales de los ácidos nucleicos influyen en su función biológica.
Si se estira una molécula de ADN, se enrollará sobre sí misma. Si se hace lo mismo con una doble hélice de ARN, se desenrollará. ¿Por qué se comportan de manera tan distinta a pesar de compartir una estructura tan similar? Esta es la pregunta que investigadores del Centro Nacional de Biotecnología del CSIC (CNB-CSIC) y del Instituto de Física de la Materia Condensada de la Universidad Autónoma de Madrid (IFIMAC-UAM) han respondido en su último trabajo publicado en la revista PNAS.
En palabras de los investigadores, "son dos moléculas muy similares, pero se comportan de un modo totalmente diferente al aplicarles una fuerza. Una simulación de este proceso con ordenadores superpotentes y millones de horas de cálculo, nos han permitido poner la lupa en la estructura atómica de estas dos moléculas para entender por qué se comportan de manera tan distinta".
Dentro de la célula, los ácidos nucleicos casi nunca se encuentran totalmente relajados. "Ni el ADN ni el ARN son esas estructuras lineales perfectas que nos muestran los libros. Para realizar correctamente su función biológica necesitan estar sometidos a giros, torsiones, estiramientos, y otras fuerzas físicas muy específicas", explica Alberto Marín, investigador del CNB-CSIC y autor del trabajo. Como resultado de estas fuerzas se producen cambios locales en la estructura de la molécula para facilitar o impedir la unión de determinadas proteínas a puntos concretos del ácido nucleico. De esta manera se consiguen regular muchos de los procesos esenciales para la vida de la célula.
UNA RESPUESTA CONTRARIA A LA INTUICIÓN
Experimentos biofísicos ya habían demostrado que estas dos moléculas, casi idénticas entre sí, se comportan de manera diferente al aplicar una fuerza sobre ellas. Como cabría esperar, al estirar una doble hélice de ARN la molécula se desenrolla y se alarga. Sin embargo, el comportamiento de la doble hélice de ADN es contrario a lo que dictaría la intuición, ya que al estirarla se incrementa el grado de enrollamiento sobre sí misma.
Este trabajo ha permitido, por primera vez, ver cómo los átomos de los ácidos nucleicos cambian de posición al aplicar sobre ellos una fuerza de estiramiento. "La simulación por ordenador explica el diferente comportamiento de ambas moléculas", asegura Guilherme Vilhena, investigador del CNB-CSIC, otro de los autores del estudio.
Los resultados indican que cuando el ADN se estira, la distancia entre las dos cadenas de la doble hélice disminuye, haciendo la molécula más estrecha. En el caso de la doble hélice de ARN, la distancia apenas varía. "Si se reduce la distancia entre las hebras, como ocurre en el ADN, se puede entender que al estirar se produzca un superenrollamiento. Mantener una separación fija entre las dos cadenas de una doble hélice (como ocurre en el ARN) requiere necesariamente que la molécula se desenrolle al estirarla", explica Fernando Moreno, investigador del CNB-CSIC.
UN TRABAJO DE MILLONES DE HORAS
Para realizar este trabajo, se ha necesitado uno de los ordenadores más potentes del país. El MinoTauro pertenece a la Red Española de Supercomputación (RES). "El desarrollo de una nueva metodología de simulación para determinar la respuesta mecánica y millones de horas de trabajo de esta máquina han permitido realizar esta simulación", indica Rubén Pérez, investigador de la UAM.
Según los autores, el modelo atómico resultante de su investigación sugiere que, en última instancia este comportamiento del ADN que parece contrario a la intuición –enrollarse al ser estirado– está relacionado con la pequeña pero fundamental diferencia que lo distingue del ARN: la ausencia de un grupo hidroxilo.
Explicar la respuesta mecánica de ambas moléculas a nivel atómico puede ayudar a entender en gran profundidad su funcionamiento. "Estas simulaciones por ordenador pueden suponer una herramienta muy poderosa para desvelar cambios de funcionalidad biológica asociados a cambios estructurales", concluyen los autores.
Rerefencia bibliográfica:
Alberto Marin-Gonzalez, Jose Guilherme Vilhena, Rubén Pérez, and Fernando Moreno-Herrero. Understanding the mechanical response of double-stranded DNA and RNA under constant stretching forces using all-atom molecular dynamics. PNAS, 2017. DOI: 10.1073/pnas.1705642114
