El Museo, diseñado con fines eminentemente didácticos, ocupa una superficie de doscientos metros cuadrados y reúne una amplia colección de minerales ordenados de acuerdo con su modo de cristalización y su naturaleza química.
El material se encuentra expuesto en veinticuatro vitrinas murales y en siete mesas vitrina; cuenta, además, con una vitrina oscura de luminiscencia, equipada con tubos de onda corta y larga, especialmente diseñada para la observación de minerales que tienen la propiedad de ser fluorescentes.
La colección, de más de cuatrocientos ejemplares, se estructura en tres grandes secciones. En las vitrinas murales se exhiben minerales de especial valor estético, ordenados en razón de su composición (sulfuros, fosfatos, halogenuros, silicatos, etc). Sobresalen los aragonitos de Steiermark (Austria), la pirita de Guanajuato (México) y la amazonita de Omaruru (Namibia).
En las mesas vitrinas los materiales se ordenan siguiendo el modelo cristalo-químico de H. Struntz, en el que se combina el criterio químico y el estructural. Esta clasificación, propuesta en 1941, clasifica los minerales en nueve grandes categorías: elementos nativos, sulfuros, halogenuros, óxidos e hidróxidos, carbonatos, sulfatos, fosfatos, silicatos y compuestos orgánicos.
Entre los elementos nativos se muestran bellos ejemplares de grafito de Ceilán y plata de Perú; el cinabrio de Almadén y la antimonita se encuentran en la mesa dedicada a los sulfuros; entre los halogenuros se exhibe fluorita, halita azul y atacamita de Chile; los óxidos e hidróxidos cuentan con bellas muestras de amatistas y cristal de roca; borax, dolomita y análogos están expuestos entre los carbonatos; los sulfatos están representados a través de espléndidas formaciones de rosas del desierto y yesos de espejo; las piromorfitas noruegas y vivianita de Camerún compendian los fosfatos; los silicatos se presentan a través de una variedad de especies como la amazonita o esmeralda; el ámbar de Polonia es un ejemplo de compuesto orgánico.
Vitrina con minerales luminiscentes.
La tercera sección está dedicada a los minerales luminiscentes, aquellos que, estimulados por radiaciones electromagnéticas emiten, en frío, luz visible. Estos minerales son importantes por su aplicación industrial, en la producción de pantallas fluorescente, en la fabricación de pinturas, etc. El espacio expositivo donde se contienen estos minerales está especialmente acondicionado para poder observar este fenómeno.
Además de las piezas expuestas, el Museo alberga un fondo no expuesto de los minerales utilizados en la docencia práctica de la disciplina de Mineralogía, junto a ellos se conserva material catalogado que no está expuesto de manera permanente.
Las paredes de la sala cuentan con paneles, de gran valor didáctico, a través de los cuales es posible conocer los distintos modelos de cristalización, los procesos de formación de minerales, los minerales de formaciones geológicas específicas o la forma mineral de los distintos elementos de la tabla periódica.
Todos los minerales exhibidos presentan una cartela identificativa en la que se incluye el nombre del mineral, en castellano, la localidad de procedencia, forma cristalina característica, el sistema en que cristaliza, la clase y grado de simetría. En todos los casos se incorpora la fórmula cristalina, la génesis con la indicación de las condiciones habituales de formación y los usos o aplicaciones de éste.
Para una más fácil identificación, las cartelas se confeccionan sobre cartulina de distinto color, en función de su clasificación dentro del sistema ideado por Strunz, constituyendo así un método sencillo e intuitivo de localización de las piezas.
