El Jardín, creado en 1995, se estableció como recurso formativo para la comunidad de estudiantes de la Universidad de Alcalá; a estos objetivos, culturales y de investigación, une otros de carácter conservacionista y recreativo. El Real Jardín Botánico Juan Carlos I se encuentra integrado en la red internacional de jardines botánicos. Organizado para facilitar una visión integral del mundo vegetal, el Jardín está estructurado en cinco grandes bloques: arboreto, parque de flora regional, escuela botánica, rosaleda histórica y colecciones de plantas crasas y orquídeas; a éstas se añade un área de viveros e invernáculos de producción y otros espacios expresamente destinados a la actividad didáctica que desarrolla el centro.
El arboreto cuenta con tres secciones: ibérica, exóticas y coníferas. Este conjunto ocupa una superficie aproximada de 6 hectáreas. Está previsto que ulteriores plantaciones amplíen el arboreto con colecciones de balsámicas y medicinales, frutales, maderables y forestales, palmas, olivares, etc. Dentro del espacio destinado a arboreto se encuentra un pequeño invernáculo ocupado por Cicadales, las coníferas más primitivas que, por su origen tropical o subtropical, no resisten las heladas.
El espacio de flora regional, con una superficie de 5 hectáreas, representa la vegetación natural de Madrid y Guadalajara, en una ordenación paisajista basada en combinaciones de las especies características de las diferentes comarcas: Alta y Baja Alcarria, Sierras de Sigüenza, Parameras de Molina y Alto Tajo, Campiña, Valle del Alberche, Sierra de Guadarrama y Sierra de Ayllón.
Vista general de los espacios dedicados a Flora regional
Incluida en esta área se ubica una huerta ecológica, donde se muestran las principales plantas de uso alimentario y medicinal, cultivadas siguiendo los procedimientos tradicionales de la agricultura ecológica. Crecen en ella diversas variedades vegetales de las especies más comunes en el campo español (vides, olivos, etc).
En la zona oeste, junto a la sección de flora regional, se ubican 58 tablas de cultivo, que constituyen la "Escuela Botánica", donde, en dos hectáreas, se muestran ordenados taxonómicamente –según el criterio evolucionista- y convenientemente rotulados, ejemplares de las principales familias fanerogámicas. La colección integra representantes de los cinco continentes.
Vistas generales de la Escuela Botánica
La producción y aclimatación de las especies vegetales en exhibición se realiza en los espacios del vivero, que se constituye en el motor fundamental del Jardín Botánico. Es un recinto de una hectárea, restringido al personal autorizado, si bien, en ocasiones, recibe visitas guiadas. Contiene un invernadero de producción de 1000 metros cuadrados de superficie, compartimentado en cuatro recintos: plantas tropicales, invernadero de producción de plantas de exterior, reserva de cactáceas y plantas crasas e invernadero para producción de esquejes. Una zona del vivero está cedida en uso al “Círculo del Bonsái”, una asociación promovida desde el Real Jardín Botánico Juan Carlos.
Vistas generales de viveros
El vivero incluye invernaderos de ambiente controlado donde algunos departamentos universitarios realizan, desde 1995, cultivos y experiencias relacionados con sus correspondientes proyectos de investigación. Entre la ‘Escuela Botánica’ y el vivero se encuentra un conjunto de edificios que incluyen un invernadero de exhibición, un Crassuletum, con una importante colección científica de cactáceas y de otras familias de plantas suculentas o crasas que alcanza las 2000 especies, y un Orquidearium, con una colección de cerca de 200 especies de orquídeas, acompañadas por plantas epífitas, carnívoras y otras tropicales.
En los alrededores se cultivan tres colecciones de plantas crasas y cactáceas bajo cubierta y en rocalla. Estas colecciones han permitido, en algunos casos, la creación de asociaciones o colectivos organizados con fines científicos o divulgativos (Asociación de Cactófilos y Círculo del Bonsái) que ponen en contacto a personas interesadas en un mismo campo de la Botánica. Este Jardín Botánico dispone de una rosaleda histórica con 3.500 rosales de 600 variedades, la mayoría de estas rosas provienen de esquejes antiguos, de los siglos XVIII, XIX y principios del XX.
Este Jardín Botánico desarrolla una intensa labor divulgativa a través de un buen número de publicaciones, cursos y visitas guiadas. En el recinto se ubica un "Aula al Aire Libre" y una "Cabaña de Acogida", que alberga una exposición permanente de frutos y semillas, algunos de los cuales pertenecen a especies exóticas.