Las colecciones de insectos son un elemento fundamental en el conocimiento taxonómico del mundo animal. Es imprescindible disponer de numerosos ejemplares de una misma especie, para poder fijar la variabilidad morfológica de la misma. La colección entomológica de la Universidad Complutense está formada por más de cuatro millones de ejemplares. Aproximadamente la mitad están conservados en seco, en cajas especiales preparadas para evitar la invasión de plagas. Cada ejemplar porta, en el mismo alfiler mediante el que se fija a la caja, una etiqueta con su identificación y el nombre del determinador, y otra con los datos de la localidad de recolección y el nombre del colector. Las cajas entomológicas se guardan ordenadas, en función del grupo taxonómico a que pertenecen, en armarios cerrados y opacos para evitar que la luz dañe los colores originales. En el interior de las cajas se deposita una pastilla de paradiclorobenceno para luchar contra las temidas plagas de las colecciones, fundamentalmente Anthrenus (coleóptero que se alimenta de los ejemplares secos) y polillas.
Vista general de uno de los armarios que guardan la colección (izquierda), cajas entomológicas con material seco (arriba) y material conservado en alcohol (abajo).
La otra mitad de los ejemplares, que incluye insectos y otros artrópodos, se conservan en alcohol glicerinado de 70º. Éstos se guardan en congeladores, en las que la evaporación es menor y el riesgo de ataque biológico casi nulo.
Las colecciones conservadas en el Museo de Entomología de la Universidad Complutense están registradas, con las siglas UCME, en la base de datos mundial de colecciones entomológicas "The Insect and Spider Collections of the World” con sede en el Bishop Museum de Hawaii. Son especialmente ricas en fauna ibérica y europea, pero no faltan las vistosas mariposas tropicales, ni los espectaculares coleópteros, en gran parte de procedencia sudamericana.
La vistosidad de alguna de las piezas no debe hacernos olvidar el objetivo principal de la colección, su interés científico.
El trabajo de los investigadores que han depositado en este Museo el testimonio de su trabajo se evidencia, además de por la importancia cuantitativa del fondo, por la presencia de ejemplares "tipo", sobre los que han sido descritas nuevas especies de insectos.
El Museo conserva también una amplia colección de preparaciones microscópicas, con artrópodos de pequeño tamaño (por ejemplo ácaros y tisanópteros) y genitalias u otras partes significativas de la anatomía.